办理EDI许可证需要准备以下材料：

1.《EDI申请表》：需要填写该表并加盖盖章，一般由企业申请人填写。

2.企业营业执照副本复印件：要求加盖公司公章，所有副本必须为正本复印件。

3.组织机构代码证编号：该证件是企业的组织架构代码。

4.税务登记证复印件：要求加盖公司公章，所有副本必须为正本复印件。

5.海关三方协议原件：该文件需加盖企业印章和海关印章，应当在90天内签订并生效。

6.申请单位安全保障措施说明：该文档需由申请人撰写，说明该单位的数据安全保障措施，需要包含多项安全措施。

7.其他有关的资料：该部分要求包含申请人身份证明的文件（如法人代表/董事会成员的个人身份证/护照复印件等）。

以上是参照具体要求来说的，如果详细操作的话也需要了解具体流程。如果您需要具体的办理细节和流程，建议咨询当地海关相关部门。